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From: root <root@DESK4090>
Date: Sat, 5 Oct 2024 19:28:24 +0800
Subject: [PATCH] analyse

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 script/S112D/S112D.sh | 103 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++-
 1 file changed, 101 insertions(+), 2 deletions(-)

diff --git a/script/S112D/S112D.sh b/script/S112D/S112D.sh
index 39f8c93..fe7dbb5 100755
--- a/script/S112D/S112D.sh
+++ b/script/S112D/S112D.sh
@@ -79,7 +79,7 @@ TOTAL_ATOMS=$(($PROTEIN_ATOMS + $LIGAND_ATOMS))
 # 打印总原子数 7482
 echo "Total atoms: $TOTAL_ATOMS"
 
-# 更新原子数目 # ! 手动实现
+# 更新原子数目
 sed -i "2s/\(^[[:space:]]*\)[0-9]\+/\1$TOTAL_ATOMS/" complex.gro
 
 # 定义盒子、添加溶剂和离子、能量最小化
@@ -365,7 +365,7 @@ cat << EOF > ${MDRUN_NAME}.mdp
 title                   = Protein-ligand complex MD simulation 
 ; Run parameters
 integrator              = md        ; leap-frog integrator
-nsteps                  = ${NSTEPS}   ; 2 * 5000000 = 10000 ps (10 ns)
+nsteps                  = 5000000   ; 2 * 5000000 = 10000 ps (10 ns)
 dt                      = 0.002     ; 2 fs
 ; Output control
 nstenergy               = 5000      ; save energies every 10.0 ps
@@ -416,6 +416,105 @@ gmx_mpi grompp -f ${MDRUN_NAME}.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o ${TPR_
 # Run the simulation
 gmx_mpi mdrun -deffnm ${MDRUN_NAME} -update gpu  -ntomp 1 -gpu_id ${GPU_ID}
 
+# 中心化并修正 PBC
+
+gmx_mpi trjconv -s ${TPR_FILE} -f ${MDRUN_NAME}.xtc -o ${MDRUN_NAME}_center.xtc -center -pbc mol -ur compact << EOF
+1
+0
+EOF
+
+# 旋转和平移拟合
+
+gmx_mpi trjconv -s ${TPR_FILE} -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -o ${MDRUN_NAME}_fit.xtc -fit rot+trans << EOF
+4
+0
+EOF
+
+# 提取轨迹帧
+# -dt 100 表示每隔 100 ps 提取一个帧。即提取的时间间隔是 500 ps。  或者用控制变量：EXTRACT_EVERY_PS
+# 选择组分 21 Protein_MOL
+gmx_mpi trjconv -s ${TPR_FILE} -f ${MDRUN_NAME}_fit.xtc -o whole.pdb -dt 100 -b 1000 -e 20000 -n index.ndx << EOF
+21
+EOF
+
+# RMSD 分析
+# 分析 Protein_MOL 的 RMSD 并绘制图像
+gmx_mpi rms -s ${MDRUN_NAME}.tpr -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -tu ns -o rmsd_protein_mol.xvg -n index.ndx << EOF
+21  # 选择 "Protein_MOL" 进行拟合
+21  # 选择 "Protein_MOL" 进行 RMSD 计算
+EOF
+./plot_rmsd.sh rmsd_protein_mol.xvg rmsd_protein_mol.svg
+
+# 分析蛋白骨架 (Backbone) 的 RMSD 并绘制图像
+gmx_mpi rms -s ${MDRUN_NAME}.tpr -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -tu ns -o rmsd_backbone.xvg -n index.ndx << EOF
+4  # 选择 "Backbone" 进行拟合
+4  # 选择 "Backbone" 进行 RMSD 计算
+EOF
+./plot_rmsd.sh rmsd_backbone.xvg rmsd_backbone.svg
+
+# 执行 RMSF 分析
+# 对 Protein 进行 RMSF 分析
+gmx_mpi rmsf -s ${MDRUN_NAME}.tpr -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -o rmsf_protein.xvg -res -ox avg_structure_protein.pdb -n index.ndx << EOF
+1  # 选择 Protein 进行 RMSF 分析
+EOF
+
+# 使用 plot_rmsf.sh 绘制 Protein 的 RMSF 图像
+./plot_rmsf.sh rmsf_protein.xvg rmsf_protein.svg
+
+# 对 Backbone 进行 RMSF 分析
+gmx_mpi rmsf -s ${MDRUN_NAME}.tpr -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -o rmsf_backbone.xvg -res -ox avg_structure_backbone.pdb -n index.ndx << EOF
+4  # 选择 Backbone 进行 RMSF 分析
+EOF
+
+# 使用 plot_rmsf.sh 绘制 Backbone 的 RMSF 图像
+./plot_rmsf.sh rmsf_backbone.xvg rmsf_backbone.svg
+
+
+# 执行氢键分析
+gmx_mpi hbond -s ${MDRUN_NAME}.tpr -n index.ndx -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -num hbond_protein_ligand.xvg << EOF
+1  # 选择 Protein
+13 # 选择 Ligand (配体)
+EOF
+
+# 使用 plot_hbond.sh 绘制氢键数量变化图像
+./plot_hbond.sh hbond_protein_ligand.xvg hbond_protein_ligand.svg
+
+# 执行回旋半径分析
+# 对 Protein 进行回旋半径分析
+gmx_mpi gyrate -s ${MDRUN_NAME}.tpr -n index.ndx -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -o gyration_protein.xvg << EOF
+1  # 选择 Protein 进行回旋半径分析
+EOF
+
+# 使用 plot_gyration.sh 绘制 Protein 的回旋半径图像
+./plot_gyration.sh gyration_protein.xvg gyration_protein.svg
+
+# 对 Protein_MOL 进行回旋半径分析
+gmx_mpi gyrate -s ${MDRUN_NAME}.tpr -n index.ndx -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -o gyration_protein_mol.xvg << EOF
+21  # 选择 Protein_MOL 进行回旋半径分析
+EOF
+
+# 使用 plot_gyration.sh 绘制 Protein_MOL 的回旋半径图像
+./plot_gyration.sh gyration_protein_mol.xvg gyration_protein_mol.svg
+
+: << EOF
+MMPBSA计算（结合能计算）
+采集40-50ns的模拟数据（这里通常采集体系平衡的数据）。
+gmx trjconv -f md_0_10_center.xtc -o trj_40-50ns.xtc -b 40000 -e 50000
+
+检查轨迹路径
+gmx check -f trj_40-50ns.xtc
+
+检查index.ndx， 配体的索引只能是一个，多的必须删除（ctrl+F搜索配体名称，剩一个配体即可）。删除后保存。
+
+下载 gmx_mmpbsa.bash，网址：https://github.com/Jerkwin/gmxtools/blob/master/gmx_mmpbsa/gmx_mmpbsa.bsh
+修改文件：
+
+尚未完成参考：
+链接：https://www.jianshu.com/p/d1ae60c96b33
+EOF
+
+
+
 # gmx_mpi rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg
 # 两次都选骨架部分（protein）
 # 注意观测在模拟过程中骨架的RMSD波动是否较大