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2024-10-27 15:29:31 +08:00
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@@ -288,5 +288,7 @@ RNA可以用Amber的Parmbsc1的力场，是amber中最新的适合模拟核酸
单纯的常规MD就用水中溶菌酶那个教程就行。力场用我上面提到的就行。
不过你模拟两个碱基的RNA有什么意义吗？是要模拟碱基配对过程（比如不同碱基之间的配对，这个貌似有人研究过了）吗还是怎么样。
你可以看下这篇文章，今晚才看见的，
Assessment of AMBER Force Fields for Simulations of ssDNA（DOI: 10.1021/acs.jctc.0c0093）
你可以看下这篇文章
Assessment of AMBER Force Fields for Simulations of ssDNA（DOI: 10.1021/acs.jctc.0c0093）