add amber

Dockerfile.amber_test

@@ -0,0 +1,39 @@
+FROM nvidia/cuda:12.4.1-cudnn-devel-ubuntu22.04
+# 将 <CUDA_VERSION> 替换为您的目标 CUDA 版本
+# 将 <OS_VERSION> 替换为您的目标操作系统版本，例如 ubuntu20.04
+
+# 安装必要的编译器和库
+RUN apt-get update && apt-get install -y \
+    build-essential \
+    cmake \
+    git \
+    bzip2-devel cmake3 gcc-gfortran g++ lzip tcl-devel zlib libzip-devel 
+
+# 设置工作目录
+WORKDIR /amber
+
+# 复制 Amber 源代码到容器中
+COPY AmberTools24.tar.bz2 /amber/
+COPY Amber24.tar.bz2 /amber/  # 如果您已获得 Amber24 许可证
+
+# 解压 Amber 源代码
+RUN tar xvfj AmberTools24.tar.bz2 && \
+    tar xvfj Amber24.tar.bz2 # 如果您已获得 Amber24 许可证
+
+# 进入 AmberTools24 源代码目录
+WORKDIR /amber/amber24_src/build
+
+# 使用 cmake 配置 Amber 构建选项
+RUN ./run_cmake -DMPI=TRUE -DCUDA=TRUE \
+    -DCUDA_ARCH=native,sm_86,sm_75,sm_87
+    # ... 其他 cmake 选项
+
+# 构建 Amber
+RUN make install
+
+# 设置 Amber 环境变量
+ENV AMBERHOME /amber/amber24
+ENV PATH $AMBERHOME/bin:$PATH
+
+# 测试 Amber 安装 (可选)
+RUN cd $AMBERHOME && make test.parallel