diff --git a/README.md b/README.md index e438dcd..6488d99 100755 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -263,4 +263,15 @@ EOF 0 ``` -然后,就得到了相应的.gro、.top和.itp文件了,接下来可以进行gromacs的分子动力学运算了。 \ No newline at end of file +然后,就得到了相应的.gro、.top和.itp文件了,接下来可以进行gromacs的分子动力学运算了。 + +## RNA 小分子模拟 + +帖子:http://bbs.keinsci.com/thread-24273-1-1.html#:~:text=%E8%AF%B7%E6%95%99%E5%90%84%E4%BD%8D%E8%80%81%E5%B8%88%EF%BC%8C%E6%9C%AC + +RNA可以用Amber的Parmbsc1的力场,是amber中最新的适合模拟核酸的力场,文献见(Orozco et al. Nature methods, 13(1), pp.55-58.)不过OL5和OL3也可以用于核酸模拟,据说也能准确描述,不过我模拟核酸都用bsc1。 +单纯的常规MD就用水中溶菌酶那个教程就行。力场用我上面提到的就行。 +不过你模拟两个碱基的RNA有什么意义吗?是要模拟碱基配对过程(比如不同碱基之间的配对,这个貌似有人研究过了)吗还是怎么样。 + +你可以看下这篇文章,今晚才看见的, +Assessment of AMBER Force Fields for Simulations of ssDNA(DOI: 10.1021/acs.jctc.0c0093) \ No newline at end of file