# BtToxin_Digger (pixi) 复现与 Docker 镜像

本仓库提供了一个 **可复现的运行环境**，用于运行 BtToxin_Digger 1.0.10，并打包为基于 `ghcr.io/prefix-dev/pixi` 的 Docker 镜像。

包含内容：
1.  **BtToxin_Digger 1.0.10** (通过 Pixi 安装)
2.  **BLAST+ 2.16.0** (兼容 v5 数据库)
3.  **预置 BtToxin 数据库** (已集成到镜像中)

## 许可证 / 引用 / 免责声明

- **BtToxin_Digger** 由原作者开发；如果在研究中使用，请引用上游发表的论文。
- **本仓库** 仅提供环境封装 (pixi/docker)；不修改 BtToxin_Digger 源代码。

## 1. 快速开始 (使用 Docker)

最简单的运行方式是使用包含的 `docker-compose.yml` 或全局项目配置。

### 构建镜像

```bash
# 在本目录下
docker compose build
```

### 运行分析

将你的输入 `.fna` 文件放入 `examples/inputs` (或挂载你自己的目录)，然后运行：

```bash
# 查看帮助
docker compose run --rm digger-repro pixi run BtToxin_Digger --help

# 对特定文件运行分析
# 注意：输入路径必须匹配内部挂载点 (/app/jobs)
docker compose run --rm digger-repro pixi run BtToxin_Digger \
  --SeqPath /app/jobs \
  --Scaf_suffix .fna \
  --threads 4
```

### 目录挂载说明

- `/app/jobs`: 挂载你的输入序列文件目录。
- `/app/data`: 挂载你期望的输出目录 (如果在参数中使用绝对路径)。

## 2. Docker 镜像构建原理

镜像使用 `docker/Dockerfile` 构建。

### 基础镜像
使用 `ghcr.io/prefix-dev/pixi:latest` 以确保一致的 conda 兼容环境。

### 数据库集成
外部数据库 (`external_dbs/bt_toxin`) 在构建时 **被复制到镜像中**。
目标位置：`/app/.pixi/envs/default/bin/BTTCMP_db/bt_toxin`

这替换了 bioconda 包自带的默认数据库，确保：
1.  使用最新的毒素定义。
2.  BLAST v5 索引与安装的 BLAST+ 2.16.0 兼容。

### 环境定义 (`pixi.toml`)
- `bttoxin_digger = "==1.0.10"`
- `perl = "==5.26.2"` (旧版兼容需求)
- `blast = "==2.16.0"` (升级以支持 v5 数据库)
- `channel-priority = "disabled"`

## 3. 开发 / 手动使用

如果你想在不使用 Docker 的情况下使用本地 Pixi 运行：

```bash
# 安装环境
pixi install

# 链接数据库 (如果不使用 Docker，需要手动操作)
# Dockerfile 会通过复制文件自动完成此步骤。
ENV_BIN=.pixi/envs/default/bin
rm -rf "$ENV_BIN/BTTCMP_db/bt_toxin"
ln -sfn $(pwd)/external_dbs/bt_toxin "$ENV_BIN/BTTCMP_db/bt_toxin"

# 运行
pixi run BtToxin_Digger --help
```

## 4. 仓库结构

```
.
├── docker/
│   └── Dockerfile          # Docker 构建定义
├── docker-compose.yml      # 本地测试编排
├── external_dbs/           # 数据库源 (构建时复制到镜像)
│   └── bt_toxin/           # 实际的数据库文件
├── pixi.toml               # 环境依赖定义
├── pixi.lock               # 确切的版本锁定
└── examples/               # 测试输入和输出
```

## 5. 更新数据库

要更新容器使用的数据库：
1. 更新 `external_dbs/bt_toxin/` 中的文件。
2. 重新构建 Docker 镜像：
   ```bash
   docker compose build --no-cache
   ```