# 模块 1：基因组注释

> 目标：通过prokka对进行原核生物基因基因组注释 ，为后续分析提供输入文件。

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## 1) Conda 环境

- 环境名：`prokka`
- 说明：运行prokka进行基因组注释
- 激活：
```bash
conda env create -f prokka.yml
conda activate prokka
```

> 已安装环境：✅（yml配置文件： `prokka.yml`）

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## 2) 启动命令

### 2.1 单基因组运行（推荐模板）
```bash
prokka \
  --outdir <OUTDIR> \
  --prefix <genome> \
  --cpus 8 \
  --genus Bacillus \
  --species Bacillus thuringiensis \
  genome.fna
```

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## 3) 参数说明（阈值含义 + 默认值）

| 参数 | 含义 | 阈值/影响 | 默认值 |
|---|---|---|---|
| `--outdir` | 输出目录 | N/A | N/A |
| `--prefix` | 输出结果文件前缀 | N/A | N/A |
| `--cpus` | 线程数 | 影响速度 | N/A |
| `--genus` | 物种所属“属” | N/A | N/A |
| `--cpus` | 物种所属“种”  | N/A | 8 |
| `genome.fna` | 输入基因组  | N/A | NA |
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## 4) 输出结果文件（结构与解析）

### 4.1 输出目录结构（建议）
```
OUTDIR/
  <genome>.faa # 基因注释蛋白质文件
  <genome>.ffn # 基因注释核酸文件
  <genome>.fna # 基因组文件 
  <genome>.gbk # genbank格式注释文件
  <genome>.gff # gff格式注释文件
  <genome>.log
  <genome>.fsa
  <genome>.sqn
  <genome>.tbl
  <genome>.tsv
  <genome>.txt
  <genome>.err

```
> prokka注释文件夹中的gbk、faa格式的文件用于杀虫素预测；faa、gff用于CRISPRCasFinder.pl的输入文件。

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