# BtToxin Pipeline

Automated Bacillus thuringiensis toxin mining system with CI/CD integration.

## Quick Start (单机部署)

### uv .venv

```bash
uv venv --managed-python -p 3.12 --seed .venv
uv pip install backend/requirements.txt
```

### Prerequisites

- Docker / Podman
- Python 3.10+
- Node.js 18+

### Development Setup
```bash
# 1. Clone and setup
git clone <your-repo>
cd bttoxin-pipeline

# 2. 使用 Makefile 初始化与启动（单机）
make setup
make start

# 3. 初始化数据库（创建表）
make db-init

# 4. 访问服务
# API:     http://localhost:8000/docs
# Flower:  http://localhost:5555
# Frontend:http://localhost:3000

# (可选) 本地开发
# Backend: uvicorn app.main:app --reload
# Frontend: npm run dev
```

## Architecture

Nginx (Reverse Proxy)
  ├── Frontend (Vue 3 Static)
  └── Backend (FastAPI + Swagger)
      ├── PostgreSQL (SQLModel via SQLAlchemy)
      ├── Redis (Broker/Result)
      ├── Celery (Worker/Beat + Flower)
      └── Docker Engine (BtToxin_Digger)

## Documentation

- API 文档: 浏览器打开 `http://localhost:8000/docs`
- 单机编排: `docker/docker-compose.yml`（唯一来源）
- 环境变量示例: `backend/.env.example`
- 常用命令: `make help`

### macOS + Podman 使用注意事项

- Podman 在 macOS 上通过虚拟机运行，宿主目录绑定到容器时，写权限可能受限。
- 我们已在运行逻辑中对 macOS 进行特殊处理：将输入复制到容器内 `/tmp/input`，在 `/tmp` 执行 BtToxin_Digger，结束后把 `Results/` 与关键输出复制回挂载的 `/workspace`（宿主输出目录）。
- 如仍遇写入问题：
  - 在 Podman Desktop 的虚拟机共享目录中，添加项目路径并开启写权限。
  - 如需，启用 rootful 模式并重启：`podman machine stop && podman machine set --rootful && podman machine start`
  - 手动验证挂载：`podman run --rm -v $(pwd)/tests/output:/workspace:rw alpine sh -lc 'echo ok > /workspace/test.txt && ls -l /workspace'`

### 本地离线容器测试（可选）

使用 `scripts/test_bttoxin_digger.py` 最小测试：

```bash
uv run python scripts/test_bttoxin_digger.py
```

要求：`tests/test_data` 下存在 `97-27.fna` 与 `C15.fna`，测试成功后在 `tests/output/Results/Toxins` 看到 6 个关键文件。

### 单目录方案（跨平台稳定写入）

- 运行前，程序会将输入文件复制到宿主输出目录下的 `input_files/` 子目录；容器仅挂载该输出目录（读写）为 `/workspace`。
- 工具运行时的 `--SeqPath` 指向 `/workspace/input_files`，工作目录也固定在 `/workspace`；所有结果与中间文件都会落在宿主的 `tests/output/` 下。

目录示例：

```
tests/output/
├── input_files/          # 输入文件副本
│   ├── 97-27.fna
│   └── C15.fna
├── Results/              # BtToxin_Digger 输出
│   └── Toxins/
│       ├── 97-27.list
│       ├── 97-27.gbk
│       └── ...
├── StatsFiles/           # 统计文件（如有）
├── All_Toxins.txt
└── BtToxin_Digger.log
```

## License

MIT License