# BtToxin Pipeline 开发任务清单

## 高优先级 (P0) - 基础功能

### Frontend - 国际化与导航

- [x] **F1.1**: 安装并配置 vue-i18n
- [x] **F1.2**: 创建 `locales/zh.json` 和 `locales/en.json` 翻译文件
- [x] **F1.3**: 在 App.vue 添加完整导航栏（首页 | 关于 | 提交任务 | 任务状态 | 工具说明）
- [x] **F1.4**: 添加中英文切换按钮（全局，页面显眼处）
- [x] **F1.5**: 将所有硬编码文本替换为 i18n 变量

### Frontend - 上传功能增强

- [x] **F2.1**: 支持 `.fna` / `.fa` 基因组文件 和 `.faa` / `.fasta` 蛋白序列文件
- [x] **F2.2**: 单文件上传限制（每次只能上传 1 个文件）
- [x] **F2.3**: 基因组和蛋白序列互斥（不能同时上传）
- [x] **F2.4**: 添加悬浮提示说明（文件类型要求、格式说明）
- [x] **F2.5**: 表单验证 - 不符合条件时弹出错误提示

### Frontend - 任务状态页面增强

- [x] **F3.1**: 区分运行中 (running) 和排队中 (pending/queued) 状态
- [x] **F3.2**: 排队状态显示当前排队序号（如 "排队中：第 3 位"）
- [x] **F3.3**: 运行状态显示进度条
- [x] **F3.4**: 更新 PIPELINE_STAGES 支持蛋白序列流程

### Frontend - 关于页面

- [x] **F4.1**: 创建 AboutView.vue
- [x] **F4.2**: 介绍 BtToxin Pipeline 功能
- [x] **F4.3**: 展示示例结果截图（预留位置）
- [x] **F4.4**: 注意事项和限制说明

### Frontend - 工具说明页面

- [x] **F5.1**: 创建 ToolInfoView.vue（重命名为"工具说明"）
- [x] **F5.2**: 介绍 BtToxin_Shoter 的评估原理（不说数学公式）
- [x] **F5.3**: 说明识别流程和阈值设定依据
- [x] **F5.4**: 不提及 BtToxin_Digger

### Backend - FastAPI 重构

- [x] **B1.1**: 创建 FastAPI 后端 (`backend/app/main.py`)
- [x] **B1.2**: 实现任务创建 API (`POST /api/v1/jobs/create`)
- [x] **B1.3**: 实现任务状态查询 API (`GET /api/v1/jobs/{job_id}`)
- [x] **B1.4**: 实现结果下载 API (`GET /api/v1/results/{job_id}/download`)
- [x] **B1.5**: 实现任务删除 API (`DELETE /api/v1/results/{job_id}`)

### Backend - 并发控制

- [x] **B2.1**: 实现 16 并发限制（使用 ConcurrencyManager + Redis）
- [x] **B2.2**: 实现任务排队机制（QUEUED 状态）
- [x] **B2.3**: API 返回排队位置或预计等待时间
- [x] **B2.4**: Redis 存储任务状态和队列信息

### Backend - 多格式支持

- [x] **B3.1**: 自动检测上传文件类型（.fna/.fa/.faa/.fasta）
- [x] **B3.2**: 根据文件类型设置 sequence_type (nucl/prot)
- [x] **B3.3**: 修改 pipeline 脚本支持蛋白序列输入

## 中优先级 (P1) - 增强功能

### CRISPR-Cas 预留

- [ ] **C1.1**: 创建 `crispr_cas/` 目录结构
- [ ] **C1.2**: 在 pixi.toml 添加 [feature.crispr] 环境
- [ ] **C1.3**: 在 bttoxin_shoter.py 预留 CRISPR 权重参数和融合函数
- [ ] **C1.4**: 文档说明后续如何实现 CRISPR 分析

### 后端国际化

- [ ] **B4.1**: API 返回文本支持多语言
- [ ] **B4.2**: 错误消息国际化

### 前端样式优化

- [ ] **F6.1**: 使用 ui-ux-pro-max skill 优化页面风格
- [ ] **F6.2**: 参考 Apple 风格设计（配色、间距、动画）
- [ ] **F6.3**: 响应式布局优化

## 低优先级 (P2) - 部署与文档

### Docker 部署

- [x] **D1.1**: 创建 FastAPI 专用 Dockerfile
- [x] **D1.2**: 更新 docker-compose.yml
- [x] **D1.3**: 配置 Traefik labels
- [ ] **D1.4**: 测试域名访问 (bttiaw.hzau.edu.cn)

### 文档

- [ ] **Doc1**: 更新 AGENTS.md
- [ ] **Doc2**: 编写部署文档

## 已完成

- [x] 初始版本提交 - 简化架构 + 轮询改造
- [x] **2025-01-13 #1**: Backend API enhancements - tasks router, download/delete endpoints, concurrency control, queue management
- [x] **2025-01-13 #2**: Pipeline script enhancement - protein file (.faa) support with automatic type detection
- [x] **2025-01-13 #3**: Docker deployment - SPA static file serving, Traefik labels, docker-compose configuration

## 参考文档

- Shotter 算法原理: `docs/shotter_math_full_zh_typora.md`
- 现有前端代码: `frontend/src/`
- Pixi 环境配置: `pixi.toml`