chore: 初始版本提交 - 简化架构 + 轮询改造

- 移除 Motia Streams 实时通信，改用 3 秒轮询
- 简化前端代码，移除冗余组件
- 简化后端架构，准备 FastAPI 重构
- 更新 pixi.toml 环境配置
- 保留 bttoxin_digger_v5_repro 作为参考文档

Co-Authored-By: Claude <noreply@anthropic.com>

README_CN.md

@@ -270,43 +270,61 @@ ACTGCCAATATGCATCTTCTAGCCAAGGGTGTAAAACTTTCAACGTGTCTTTTCTATCCCACAAATATGAAATATATGCA
 - **Hemiptera（半翅目）**：真正的蝽类
 - **Nematoda（线虫纲）**：蛔虫
 
-## 开发
+## Web 界面（可选）
 
-### 前端开发
+BtToxin Pipeline 提供可选的 Web 界面，方便任务提交和监控。
 
-前端是位于 `frontend/` 的 Vue 3 + Vite + Element Plus 应用程序。
+### 快速启动
 
 ```bash
-# 安装依赖
-pixi run fe-install
+# 同时启动前端和后端服务（推荐）
+pixi run web-start
 
-# 启动开发服务器（http://localhost:5173）
-pixi run fe-dev
-
-# 构建生产版本
-pixi run fe-build
-
-# 运行单元测试
-pixi run fe-test
-
-# 代码检查和修复
-pixi run fe-lint
+# 前端：http://localhost:5173
+# 后端：http://localhost:8000
 ```
 
-### Web 后端开发
-
-Web 后端是位于 `web/backend/` 的 FastAPI 应用程序。
+或者分别启动服务：
 
 ```bash
-# 启动开发服务器，支持热重载（http://localhost:8000）
+# 终端 1：启动后端
 pixi run api-dev
 
-# 运行测试
-pixi run api-test
-
-# API 文档位于 http://localhost:8000/api/docs（DEBUG=true 时）
+# 终端 2：启动前端
+pixi run fe-dev
 ```
 
+### 使用 Web 界面
+
+1. 在浏览器中打开 http://localhost:5173
+2. 上传 .fna 基因组文件
+3. 配置分析参数（可选）
+4. 点击"提交任务"
+5. 页面将跳转到 `/<task_id>` 页面
+6. 页面每 3 秒轮询一次状态
+7. 完成后下载结果文件（.tar.gz）
+
+### 任务链接
+
+提交后，您的任务链接为：
+```
+http://localhost:5173/<task_id>
+```
+
+请保存此链接以便后续查看结果。结果保留 **30 天**。
+
+### 结果存储
+
+任务结果存储在 `/data/jobs/{task_id}/` 目录下：
+- `input.fna` - 您上传的文件
+- `params.json` - 任务参数
+- `output/` - 管道输出文件
+- `pipeline_results.tar.gz` - 可下载的结果包
+
+### 结果保留期限
+
+结果将在 **30 天**后自动删除以释放存储空间。请在过期前下载重要结果。
+
 ### Python 开发环境
 
 对于 pixi 之外的开发工作：
@@ -359,6 +377,33 @@ bttoxin-pipeline/
 └── frontend/                 # Vue.js 前端（可选的 Web UI）
 ```
 
+## Docker 部署
+
+适用于生产环境部署或无需安装 pixi/conda 的快速启动：
+
+```bash
+# 1. 构建并启动服务
+docker compose -f docker/compose/docker-compose.simple.yml up -d
+
+# 2. 访问服务
+# 前端页面: http://localhost
+# 后端 API: http://localhost/api/docs
+```
+
+Docker 部署采用单容器模式，使用 Nginx 同时托管前端静态资源和反向代理后端 API。
+
+**可用的 Docker 配置文件：**
+- `docker/compose/docker-compose.yml` - 完整配置，包含多种部署选项
+- `docker/compose/docker-compose.simple.yml` - 简单单容器部署（推荐用于快速启动）
+- `docker/compose/docker-compose.traefik.yml` - 基于 Traefik 的生产环境部署
+- `docker/compose/docker-compose.test.yml` - 测试配置
+
+**数据挂载：**
+- `./jobs`: 持久化任务数据
+- `./Data`: 参考数据库
+
+详细的 Docker 部署信息请参阅 [DOCKER_DEPLOYMENT.md](DOCKER_DEPLOYMENT.md)
+
 ## 故障排除
 
 ### 找不到 pixi