feat(shotter): 实现 Shotter v1 活性评估与单 FNA 流程，新增 API/CLI/绘图与报告

- 新增 scripts/bttoxin_shoter.py：从 BPPRC 正样本 CSV 构建 name/亚家族/家族特异性索引，
  解析 BtToxin_Digger All_Toxins.txt，计算 per-hit 权重并以 noisy-OR 合成菌株×目标目/物种分数，
  输出 TSV/JSON；含 HMM 加成与配对毒素规则（Vip1/Vip2，Vpa/Vpb），other/unknown 桶。
- 新增端到端工具链：
  - scripts/run_single_fna_pipeline.py：Digger → Shotter → Plot → 打包
  - scripts/plot_shotter.py：绘制热图并生成论文式/摘要式报告
  - scripts/bttoxin_api.py 与 bttoxin/api.py：纯 Python API；bttoxin/cli.py 暴露 bttoxin-run
  - pyproject.toml：项目打包与 CLI 入口
- docs(README): 增加输入文件格式与结果解读，补充单目录写入方案
- chore(gitignore): 忽略 runs/ 与 tests/output
- ci: 移除 .woodpecker/test.yml

README.md

@@ -76,6 +76,48 @@ uv run python scripts/test_bttoxin_digger.py
 
 要求：`tests/test_data` 下存在 `97-27.fna` 与 `C15.fna`，测试成功后在 `tests/output/Results/Toxins` 看到 6 个关键文件。
 
+#### 输入文件格式说明
+
+.fna 文件是 FASTA 格式的核酸序列文件，包含细菌的完整基因组序列：
+
+- **97-27.fna**: Bacillus thuringiensis strain 97-27 的完整基因组序列
+- **C15.fna**: Bacillus thuringiensis strain C15 的完整基因组序列
+
+文件格式示例：
+```>NZ_CP010088.1 Bacillus thuringiensis strain 97-27 chromosome, complete genome
+TAATGTAACACCAGTAAATATTTCATTCATATATTCTTTTAACTGTATTTTATATTCTTTCTACTCTACAATTTCTTTTA
+ACTGCCAATATGCATCTTCTAGCCAAGGGTGTAAAACTTTCAACGTGTCTTTTCTATCCCACAAATATGAAATATATGCA
+...
+```
+
+#### 挖掘结果解读
+
+BtToxin_Digger 分析完成后会生成以下关键结果文件：
+
+**1. 菌株毒素列表文件 (`.list`)**
+- 包含每个菌株中预测到的各类毒素蛋白的详细分类信息
+- 毒素类型包括：Cry、Cyt、Vip、Others、App、Gpp、Mcf、Mpf、Mpp、Mtx、Pra、Prb、Spp、Tpp、Vpa、Vpb、Xpp
+- 每个毒素显示：蛋白ID、长度、等级(Rank1-4)、BLAST结果、最佳匹配、覆盖度、相似度、SVM和HMM预测结果
+
+**2. 基因银行格式文件 (`.gbk`)**
+- 包含预测毒素基因的详细注释信息
+- 记录基因位置、蛋白描述、BLAST比对详情、预测结果等
+- 可用于后续的功能分析和可视化
+
+**3. 汇总表格 (`Bt_all_genes.table`)**
+- 所有菌株的毒素基因汇总表格
+- 显示每个菌株中不同类型毒素基因的数量和相似度信息
+
+**4. 全部毒素列表 (`All_Toxins.txt`)**
+- 包含所有预测到的毒素基因的完整信息
+- 字段包括：菌株、蛋白ID、蛋白长度、链向、基因位置、SVM预测、BLAST结果、HMM结果、命中ID、比对长度、一致性、E值等
+
+**测试结果示例**：
+- 97-27菌株预测到12个毒素基因，包括InhA1/2、Bmp1、Spp1Aa1、Zwa5A/6等
+- C15菌株预测到多个Cry毒素基因（Cry21Aa2、Cry21Aa3、Cry21Ca2、Cry5Ba1）和其他辅助毒素
+- 毒素等级分为Rank1-4，Rank1为最高置信度，Rank4为最低置信度
+- 相似度范围从27.62%到100%，表明与已知毒素的相似程度
+
 ### 单目录方案（跨平台稳定写入）
 
 - 运行前，程序会将输入文件复制到宿主输出目录下的 `input_files/` 子目录；容器仅挂载该输出目录（读写）为 `/workspace`。