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tools/bttoxin_digger/README_CN.md

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+# BtToxin_Digger (pixi) 复现与 Docker 镜像
+
+本仓库提供了一个 **可复现的运行环境**，用于运行 BtToxin_Digger 1.0.10，并打包为基于 `ghcr.io/prefix-dev/pixi` 的 Docker 镜像。
+
+包含内容：
+1.  **BtToxin_Digger 1.0.10** (通过 Pixi 安装)
+2.  **BLAST+ 2.16.0** (兼容 v5 数据库)
+3.  **预置 BtToxin 数据库** (已集成到镜像中)
+
+## 许可证 / 引用 / 免责声明
+
+- **BtToxin_Digger** 由原作者开发；如果在研究中使用，请引用上游发表的论文。
+- **本仓库** 仅提供环境封装 (pixi/docker)；不修改 BtToxin_Digger 源代码。
+
+## 1. 快速开始 (使用 Docker)
+
+最简单的运行方式是使用包含的 `docker-compose.yml` 或全局项目配置。
+
+### 构建镜像
+
+```bash
+# 在本目录下
+docker compose build
+```
+
+### 运行分析
+
+将你的输入 `.fna` 文件放入 `examples/inputs` (或挂载你自己的目录)，然后运行：
+
+```bash
+# 查看帮助
+docker compose run --rm digger-repro pixi run BtToxin_Digger --help
+
+# 对特定文件运行分析
+# 注意：输入路径必须匹配内部挂载点 (/app/jobs)
+docker compose run --rm digger-repro pixi run BtToxin_Digger \
+  --SeqPath /app/jobs \
+  --Scaf_suffix .fna \
+  --threads 4
+```
+
+### 目录挂载说明
+
+- `/app/jobs`: 挂载你的输入序列文件目录。
+- `/app/data`: 挂载你期望的输出目录 (如果在参数中使用绝对路径)。
+
+## 2. Docker 镜像构建原理
+
+镜像使用 `docker/Dockerfile` 构建。
+
+### 基础镜像
+使用 `ghcr.io/prefix-dev/pixi:latest` 以确保一致的 conda 兼容环境。
+
+### 数据库集成
+外部数据库 (`external_dbs/bt_toxin`) 在构建时 **被复制到镜像中**。
+目标位置：`/app/.pixi/envs/default/bin/BTTCMP_db/bt_toxin`
+
+这替换了 bioconda 包自带的默认数据库，确保：
+1.  使用最新的毒素定义。
+2.  BLAST v5 索引与安装的 BLAST+ 2.16.0 兼容。
+
+### 环境定义 (`pixi.toml`)
+- `bttoxin_digger = "==1.0.10"`
+- `perl = "==5.26.2"` (旧版兼容需求)
+- `blast = "==2.16.0"` (升级以支持 v5 数据库)
+- `channel-priority = "disabled"`
+
+## 3. 开发 / 手动使用
+
+如果你想在不使用 Docker 的情况下使用本地 Pixi 运行：
+
+```bash
+# 安装环境
+pixi install
+
+# 链接数据库 (如果不使用 Docker，需要手动操作)
+# Dockerfile 会通过复制文件自动完成此步骤。
+ENV_BIN=.pixi/envs/default/bin
+rm -rf "$ENV_BIN/BTTCMP_db/bt_toxin"
+ln -sfn $(pwd)/external_dbs/bt_toxin "$ENV_BIN/BTTCMP_db/bt_toxin"
+
+# 运行
+pixi run BtToxin_Digger --help
+```
+
+## 4. 仓库结构
+
+```
+.
+├── docker/
+│   └── Dockerfile          # Docker 构建定义
+├── docker-compose.yml      # 本地测试编排
+├── external_dbs/           # 数据库源 (构建时复制到镜像)
+│   └── bt_toxin/           # 实际的数据库文件
+├── pixi.toml               # 环境依赖定义
+├── pixi.lock               # 确切的版本锁定
+└── examples/               # 测试输入和输出
+```
+
+## 5. 更新数据库
+
+要更新容器使用的数据库：
+1. 更新 `external_dbs/bt_toxin/` 中的文件。
+2. 重新构建 Docker 镜像：
+   ```bash
+   docker compose build --no-cache
+   ```