feat: 支持绑定外部 bt_toxin 数据库 (2025-11-04 更新)

- docker_client.py: run_bttoxin_digger() 新增 bttoxin_db_dir 参数，支持挂载外部数据库
- run_single_fna_pipeline.py: 新增 --bttoxin_db_dir 参数，自动检测 external_dbs/bt_toxin
- README.md: 添加 bttoxin_db 更新说明和 Docker 绑定文档
- external_dbs/bt_toxin: 添加 2025-11-04 版本数据库文件

测试验证: HAN055 样本毒素命名版本号变化 (Cry2Aa9→22, Cry2Ab35→41, Cry1Ia40→42, Vip3Aa7→79)

README.md

@@ -140,6 +140,86 @@ tests/output/
 └── BtToxin_Digger.log
 ```
 
+## bttoxin_db更新
+
+BtToxin_Digger 容器内置的数据库版本较旧（2021年8月），建议使用官方 GitHub 仓库的最新数据库。
+
+### 数据库目录结构
+
+```
+external_dbs/bt_toxin/
+├── db/                    # BLAST 索引文件（运行时必需）
+│   ├── bt_toxin.phr
+│   ├── bt_toxin.pin
+│   ├── bt_toxin.psq
+│   ├── bt_toxin.pdb
+│   ├── bt_toxin.pjs
+│   ├── bt_toxin.pot
+│   ├── bt_toxin.ptf
+│   ├── bt_toxin.pto
+│   └── old/
+└── seq/                   # 序列源文件（留档/更新用）
+    ├── bt_toxin20251104.fas
+    └── ...
+```
+
+### 更新步骤
+
+```bash
+mkdir -p external_dbs
+rm -rf external_dbs/bt_toxin tmp_bttoxin_repo
+
+git clone --filter=blob:none --no-checkout https://github.com/liaochenlanruo/BtToxin_Digger.git tmp_bttoxin_repo
+cd tmp_bttoxin_repo
+
+git sparse-checkout init --cone
+git sparse-checkout set BTTCMP_db/bt_toxin
+git checkout master
+
+# 把目录拷贝到你的项目 external_dbs 下
+cd ..
+cp -a tmp_bttoxin_repo/BTTCMP_db/bt_toxin external_dbs/bt_toxin
+
+# 清理临时 repo
+rm -rf tmp_bttoxin_repo
+```
+
+### 验证数据库绑定
+
+```bash
+# 检查数据库文件是否完整
+ls -lh external_dbs/bt_toxin/db/
+
+# 验证容器能正确访问绑定的数据库
+docker run --rm \
+  -v "$(pwd)/external_dbs/bt_toxin:/usr/local/bin/BTTCMP_db/bt_toxin:ro" \
+  quay.io/biocontainers/bttoxin_digger:1.0.10--hdfd78af_0 \
+  bash -lc 'ls -lh /usr/local/bin/BTTCMP_db/bt_toxin/db | head'
+```
+
+输出应显示 `.pin/.psq/.phr` 等文件，且时间戳/大小与宿主机一致，说明绑定成功。
+
+### 使用外部数据库运行 Pipeline
+
+脚本会自动检测 `external_dbs/bt_toxin` 目录，若存在则自动绑定：
+
+```bash
+# 自动使用 external_dbs/bt_toxin（推荐）
+uv run python scripts/run_single_fna_pipeline.py --fna tests/test_data/HAN055.fna
+
+# 或手动指定数据库路径
+uv run python scripts/run_single_fna_pipeline.py \
+  --fna tests/test_data/HAN055.fna \
+  --bttoxin_db_dir /path/to/custom/bt_toxin
+```
+
+### 注意事项
+
+- **db/ 目录是必需的**：运行时 BLAST 只读取 `db/` 下的索引文件
+- **seq/ 目录是可选的**：仅用于留档或重新生成索引
+- **绑定模式为只读 (ro)**：防止容器意外修改宿主机数据库
+- **不需要重新 index**：GitHub 仓库已包含预构建的 BLAST 索引
+
 ## License
 
 MIT License