apptainerce_build

为了创建一个模块化、易于维护的 Shell 脚本来自动安装 Apptainer (SingularityCE 的社区版本)，我们可以将脚本分为几个部分：安装依赖、安装 Go、下载和编译 Apptainer，以及卸载功能。同时，我们将使用变量来控制版本号和下载链接，使得维护和更新更加方便。

singularityCE

SingularityCE is the Community Edition of Singularity, an open source container platform designed to be simple, fast, and secure.

apptainer

Singularity和Apptainer 区别

Singularity和Apptainer是同一款软件的不同版本。Singularity是一款流行的容器技术，专为高性能计算（HPC）和数据密集型应用设计。它允许用户在单个文件中打包软件应用程序和所有相关的依赖项，以便在其他系统上无缝运行。

然而，Singularity的开发和维护是由Sylabs进行的，这是一家商业公司。在2021年，Sylabs决定将Singularity的开发转向更商业化的方向，这引发了社区的一些争议。

为了保持Singularity的开源和社区驱动的本质，Singularity的原始开发者和社区成员决定创建一个新的项目，名为Apptainer。Apptainer是Singularity的一个分支，其目标是继续开发和维护一个完全开源和社区驱动的容器技术。

总的来说，Singularity和Apptainer都是相同的容器技术，只是由于开发和维护的策略差异，导致了两个不同的项目。

Apptainer封装原则

数据库，容器分离原则，降低耦合度，复用数据库。
编译和封装分离原则，软件编译可以在容器内也可以在容器外，编译完再安装到全新的基础镜像。
尽量使用编译型语言写脚本，可以减小容器体积，Python，Perl 等解释器也会占不少体积。
保持版本记录，每个镜像文件都匹配一个Definition文件，里面能标注准确标注版本号就尽量标注。
如果需要使用 conda，选择 micromamba。

首先，生物信息数据分析属于 HPC 计算范畴，很适合集群环境，容器可以隔离每个软件的运行环境，让不同软件拥有独立的依赖关系，其实 Conda 也可以做到环境的隔离，但是 conda 有其自身的问题，这里不讨论。可以选择　Docker（https://www.docker.com/）或者　Apptainer（https://apptainer.org/，先前叫 Singularity ）, 　根据文章标题可以看出，最后推荐　Apptainer，几点好处：

可以生成单一的 sif 文件，方便直接以文件的形式部署和分享，在服务集群上各个节点可以直接调用容器。
可以直接使用 DockerHub 的镜像生成 sif 文件
使用　alpine　直接使用编译后的文件，可以将镜像文件做的很小，接近 2M 左右。
创建和使用容器不再需要管理员权限。

几点心得：

尽量使用国内镜像。
构建本地的 HTTP 服务器，保证构建镜像构建过程稳定。
非通用的数据库，数据库可以考虑和容器打包放在一起，版本也好控制。
一些软件可能不无法在　alpine　基础进行安装成功，比如 BLAST
推荐 Rocky Linux 9.2 基础镜像，体积大约 60M
如果封装 R 程序, 可以使用 r-base 基础镜像库，体积比较小。　
能用编译型编程语言写程序尽量不用解释型语言写，安装额外的语言执行环境会让容器体积变大。
学会自己构建镜像，Github 上提供的 Dockerfile 不一定会真的工作。

使用Apptainer本地镜像文件构建容器

使用本地镜像文件会出现：

网络稳定性问题
镜像文件太大，导致传输失败

基础镜像

alpine https://hub.docker.com/_/alpine，体积只有 **3M**
    
RockyLinux https://hub.docker.com/_/rockyinux
    
Ubuntu https://hub.docker.com/_/ubuntu
    
CentOS https://hub.docker.com/_/centos
    
R-base https://hub.docker.com/_/r-base

使用 Docker Hub 的基础镜像无法正常构建容器，应该是 DNS 问题导致，这类网络导致的问题其实挺麻烦，解决的问题的最佳方案就是本地化基础镜像库。

deepin 伪装 debian12



sudo sed -i -e 's/^ID=.*$/ID=debian/' -e 's/^VERSION_CODENAME=.*$/VERSION_CODENAME=bookworm/' /etc/os-release

# CasaOS安装成功之后,要记得还原配置文件
restore_os_release() {
    sudo cp /etc/os-release.backup /etc/os-release
    Show 0 "配置文件已还原"
}

deepin v23（debian12 bookworm）安装 squashfs-tools-ng

编译安装apptainer需要这个依赖但是deepin没有

[下载][https://packages.debian.org/bookworm/squashfs-tools-ng] URL

http://ftp.hk.debian.org/debian/pool/main/s/squashfs-tools-ng/squashfs-tools-ng_1.2.0-1_amd64.deb http://ftp.hk.debian.org/debian/pool/main/s/squashfs-tools-ng/libsquashfs1_1.2.0-1_amd64.deb

sudo dpkg -i ./libsquashfs1_1.2.0-1_amd64.deb 
sudo dpkg -i ./squashfs-tools-ng_1.2.0-1_amd64.deb

5.2 KiB Raw Blame History Unescape Escape