# analysis_pdb



## install environment

```shell
micromamba create -n modeller modeller biopython pymol-open-source biopandas requests ipython ipykernel pydantic -y -c conda-forge -c salilab
# modeller注册码：MODELIRANJE (<conda_env>//lib/modeller-10.4/modlib/modeller/config.py)
```

modeller注册码：`MODELIRANJE``

## test 

```shell
cp pdb_test/5isz.pdb pdb_gjm/
gmx_mpi pdb2gmx -f 5isz.pdb -o 5isz.gro -ff amber99sb-ildn -water tip3p -ignh -p topol.top
```

# 记录

`7rtr` 对比序列太长，需要去除尾端

无缺失：1bd2,

`1d9k` 

tcr: AB
mhc CD
peptide P 

`1kj2` p周围只有三条链

`3C5Z` `3C60` `3O6F` `3PL6` `3RDT` `4MAY` `4P4K` 没有peptide

`3GJF` K、L链 空间位置不正确。

`4z7u` 重叠，缺失链，tcr，hmc只有一半

`6avf` H 链太长

`6px6` B 链太长

`6py2` B 链太长

`6u3n` B 链111修复失败

`7rk7` `7rtr` 拖尾

`6uk4` `6uln` `6vm8` `7l1d` `7rrg` 仅有HMC呈递peptide，没有TCR识别互相作用

`7jwj` A链拖尾太长



tcr: DE
mhc I

peptide Q

`3mv7` `3mv8` `3mv9` D链修复有问题，没有修复成功。

``