lingyuzeng/analysis_pdb
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lingyuzeng
2024-01-25 16:09:07 +08:00
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@@ -105,18 +105,18 @@ peptide P
`7jwj` A链拖尾太长 `7jwj` A链拖尾太长
`5ksa` peptide （J 链）-1 到1发现缺失（0位缺失），但是实际上需不需要修复的，但是进行了修复，所以这里是peptide编号错误。手动将J链编号-1改为0，重新进行同源建模修复，pdb_test4 `5ksa` peptide （J 链）-1 到1发现缺失（0位缺失），但是实际上需不需要修复的，但是进行了修复，所以这里是peptide编号错误。手动将J链编号-1改为0，重新进行同源建模修复，pdb_test4修复。
`6bga` B链 138-139 位置不合理缺失，需要手动删除序列位置然后修复，原始的6bga也是可能moderller修复参数不正确，导致 138-139 位置修复不合理。 `6bga` B链 138-139 位置不合理缺失，需要手动删除序列位置然后修复，原始的6bga也是可能moderller修复参数不正确，导致 138-139 位置修复不合理。
`7rdv` C链拖尾太长，修复失败，需要后续检查原因 `7rdv` C链拖尾太长，修复失败，需要后续检查原因，卡在B链修复问题，修复bug，pdb_test4修复。
tcr: DE tcr: DE
mhc I mhc I
peptide Q peptide Q
`3mv7` `3mv8` `3mv9` D链修复有问题，没有修复成功。 `3mv7` `3mv8` `3mv9` D链修复有问题，没有修复成功。使用ESMfold 修复D链
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