diff --git a/README.md b/README.md index a9930cc..38ff4a6 100755 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -10,6 +10,7 @@ conda create -n pyfastx modeller biopython pymol-open-source biopandas requests # modeller注册码:MODELIRANJE (//lib/modeller-10.4/modlib/modeller/config.py) # 绘图环境 统计test.py conda install -c conda-forge seaborn -y +pip install python-calamine ``` modeller注册码:`MODELIRANJE` @@ -151,7 +152,29 @@ ___ ------- 下面是多聚体修复记录: +1mwa: D 链 116 117 动画缺失,实际不缺失 +3mbe: F链loop区域太多, 多聚体另外一部分结构缺失 + +3pqy: 根据fasta序列信息选择:chain B or chain K or chain M or chain O or chain E。TCR蛋白两条链中间有插入一个Beta-2-microglobulin导致TCR两条链分开。 +Beta-2-microglobulin (β2微球蛋白) 是一种小型蛋白质,广泛存在于所有核细胞的表面。它是主要组织相容性复合体 (MHC) 类I分子的轻链部分,与MHC类I的重链结合,不仅参与细胞间的免疫识别,还在多种生理和病理过程中发挥作用。 + +`3sjv` 多聚体loop区域太多 剔除 + +`4e41` HMC区域缺失 剔除 + +`4h1l` loop区域太多 剔除 + +`4p2q` `4p2r` peptide 0位缺失,并且没有在HMC上面呈递 + +`4z7u` 修复之后阿尔法螺旋和β折叠 变成了loop区域 + +# `4p2q` `4p2r` `4z7u` 这些多聚体修复之后出现了 阿尔法螺旋和β折叠 变成了loop区域, 尝试提取单聚体在修复 `` +cmd.select('sele', '4mji and (chain D or chain E or chain C or chain A or chain B)') + +cmd.save('C:/Users/lingyuzeng/Documents/newfix0123/multimer_polymeric_extra/3ffc.pdb', 'sele') + +# 先提取单体之后尝试修复 \ No newline at end of file