From 5defce997a1f7ff49514a0b842611c31b212fbbe Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: root Date: Wed, 24 Jan 2024 17:13:09 +0800 Subject: [PATCH] update record --- README.md | 10 +++++++--- 1 file changed, 7 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/README.md b/README.md index d29cea1..41713b0 100755 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -6,13 +6,13 @@ ```shell micromamba create -n modeller modeller biopython pymol-open-source biopandas requests ipython ipykernel pydantic pyfastx ipython -y -c conda-forge -c salilab -c bioconda -conda create -n pyfastx modeller biopython pymol-open-source biopandas requests ipython ipykernel pydantic pyfastx ipython -y -c conda-forge -c salilab -c bioconda +conda create -n pyfastx modeller biopython pymol-open-source biopandas requests ipython ipykernel pydantic pyfastx ipython seaborn -y -c conda-forge -c salilab -c bioconda # modeller注册码：MODELIRANJE (//lib/modeller-10.4/modlib/modeller/config.py) # 绘图环境 统计test.py conda install -c conda-forge seaborn -y ``` -modeller注册码：`MODELIRANJE`` +modeller注册码：`MODELIRANJE` ## test @@ -85,7 +85,7 @@ peptide P ---- 单聚体记录： -`1ao7` E 链 225 THR 是缺失 PDB文件结构也正常 可能是坐标脱离太原导致缺失 +`1ao7` E 链 221-225 THR 是缺失 PDB文件结构也正常 可能是坐标脱离太原导致缺失。 经过观察，221和222为的TRP和GLU 肽键的C-N长度为2.0 埃（Å），碳（C）和氮（N）原子之间的典型距离大约是 1.32 埃（Å）。导致动画结构展示不正确，需要手动删除然后，建模修复。 `3qiu` `4ozf` 拖尾 @@ -105,7 +105,11 @@ peptide P `7jwj` A链拖尾太长 +`5ksa` peptide （J 链）-1 到1发现缺失（0位缺失），但是实际上需不需要修复的，但是进行了修复，所以这里是peptide编号错误。 +`6bga` 138-139 位置不合理缺失，需要手动删除序列位置然后修复 + +`7rdv` C链拖尾太长，修复失败，需要后续检查原因 tcr: DE mhc I