commit c5620ad4e3a7eae22c1d30aa4c0864d0b2db8c9b
Author: mm644706215 <ze.ga@qq.com>
Date:   Wed Aug 27 21:16:45 2025 +0800

    first commit

diff --git a/.gitignore b/.gitignore
new file mode 100644
index 0000000..98b4644
--- /dev/null
+++ b/.gitignore
@@ -0,0 +1,2 @@
+admet_ai
+*.sdf
\ No newline at end of file
diff --git a/README.md b/README.md
new file mode 100644
index 0000000..7fb2726
--- /dev/null
+++ b/README.md
@@ -0,0 +1,11 @@
+## 使用admet-ai预测
+
+```bash
+git clone https://github.com/swansonk14/admet_ai
+cd admet_ai
+micromamba create -n admet_ai python=3.10
+micromamba activate admet_ai
+pip install -r requirements.txt
+pip install -e .
+python fix_admet_load.py --data_path ./data/molecules.csv --save_path ./data/preds.csv --smiles_column smiles
+```
\ No newline at end of file
diff --git a/data/molecules.csv b/data/molecules.csv
new file mode 100644
index 0000000..531ac05
--- /dev/null
+++ b/data/molecules.csv
@@ -0,0 +1,56 @@
+smiles
+CC[C@H](C)[C@H](NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(=O)[O-])NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCC(=O)[O-])NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=[NH2+])NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)[C@H](CC(=O)[O-])NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)[O-])NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)[C@H](Cc1c[nH]cn1)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)[C@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)[O-])NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=[NH2+])NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCCC[NH3+])NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=[NH2+])NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(=O)[O-])NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=[NH2+])NC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)[C@H](CCC(=O)[O-])NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=[NH2+])NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(=O)[O-])NC(=O)[C@H](CC(=O)[O-])NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=[NH2+])NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](Cc1c[nH]cn1)NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](Cc1cnc[nH]1)NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@H](CCCC[NH3+])NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)[C@H](CC(=O)[O-])NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=[NH2+])NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCCC[NH3+])NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)[O-])NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=[NH2+])NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](Cc1cnc[nH]1)NC(=O)[C@H](CCCC[NH3+])NC(=O)[C@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)CO)[C@@H](C)O)C(C)C)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)O)[C@@H](C)O)C(C)C)[C@@H](C)CC)C(C)C)[C@@H](C)O)C(C)C)[C@@H](C)O)C(C)C)C(C)C)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)O)[C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCC[NH3+])C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)[O-])C(=O)N[C@@H](CCC(=O)[O-])C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=[NH2+])C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=[NH2+])C(=O)N[C@@H](CCCC[NH3+])C(=O)N[C@@H](CC(=O)[O-])C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(=O)N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=[NH2+])C(=O)N[C@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC(=O)[O-])C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)[O-])C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCC[NH3+])C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCC[NH3+])C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)N[C@@H](CCCC[NH3+])C(=O)N[C@@H](CCCC[NH3+])C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(=O)[O-])C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=[NH2+])C(=O)N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(=O)[O-])C(=O)N[C@H](C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=[NH2+])C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@H](C(=O)NCC(=O)N[C@H]1CSSC[C@@H](C(=O)N[C@@H](Cc2ccc(O)cc2)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)[O-])C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCC[NH3+])C(=O)N[C@@H](Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](Cc2ccccc2)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(=O)N2CCC[C@H]2C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](Cc2ccccc2)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)N[C@@H](Cc2ccccc2)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=[NH2+])C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCC[NH3+])C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C=O)CCCC[NH3+])C(C)C)C(C)C)[C@@H](C)CC)C(C)C)C(C)C)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)C(C)C)[C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@@H]2CCCN2C(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@H](Cc2ccccc2)NC(=O)[C@@H]2CCCN2C(=O)[C@H](CCC(=O)[O-])NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](Cc2ccc(O)cc2)NC(=O)CNC(=O)[C@H](Cc2c[nH]c3ccccc23)NC(=O)CNC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H]2CCCN2C(=O)[C@@H]2CCCN2C(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H]2CCCN2C(=O)CNC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)[O-])NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCCC[NH3+])NC(=O)[C@H](Cc2ccccc2)NC1=O)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)C(C)C)[C@@H](C)CC)C(C)C)C(C)C)C(C)C)C(C)C)[C@@H](C)CC)C(C)C)C(C)C)[C@@H](C)CC)C(C)C)[C@@H](C)CC)C(C)C)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)O)[C@@H](C)O)C(C)C)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)[C@@H](C)CC)C(C)C)[C@@H](C)CC
+CCCCCCCCC[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](Cc2ccccc2)[N@H+]1C
+OC[C@H]1O[C@@H](n2cnc3c2N=CNC[C@H]3O)[C@@H](Cl)[C@H]1O
+C[C@H](CCOc1ccc(C(=O)[O-])cc1)C(=O)[O-]
+O=C([O-])c1cccc2ccccc12
+N#CSCc1ccccc1
+Cc1cc(O)cc(C(=O)[O-])c1
+C=C(CCC=C(C)C)[C@@H]1CC=C(C)CC1
+C[C@H](C(=O)C(=O)[O-])c1ccccc1
+O=P([O-])([O-])O[C@H]1O[C@H](CF)[C@@H](O)[C@H]1O
+COc1cc(C(=O)[O-])cc(O)c1O
+COc1cc(CC[NH3+])ccc1O
+CSC[C@H]1O[C@H](OP(=O)([O-])[O-])[C@H](O)[C@@H]1O
+NC(=O)CCCC[C@@H]1CCSS1
+O=C([O-])c1ccccc1C(=O)[O-]
+[NH3+]Cc1cc(COP(=O)([O-])[O-])co1
+O=C([O-])c1ccc(O)c(O)c1
+NC(=O)OC[C@H](C(=O)[O-])c1ccccc1
+O=C([O-])c1cc(O)c(O)c(Cl)c1
+Cc1cccc(O)c1C(=O)[O-]
+C[C@H](O)c1ccccc1
+Cc1ccc(-c2cccs2)s1
+OC[C@@H](O)C#Cc1csc(-c2cccs2)c1
+O=C([O-])c1cc(Cl)ccc1O
+O=C([O-])c1ccc(NO)cc1
+Cc1cccc(C(=O)[O-])c1O
+C[C@@]12[C@@H]3C[C@@H](C[C@@H]31)[C@@]2(C)C(=O)[O-]
+COc1cc([C@@H](O)C(=O)[O-])ccc1O
+Cc1ccc(O)c(C(=O)[O-])c1
+O=C([O-])C[C@@]1(F)C=CC(=O)O1
+OC[C@H](O)[C@@H](O)Cc1c[nH]c2ccccc12
+C[NH2+]C[C@@H](O)c1ccccc1
+Cc1nc(C(=O)[O-])sc1CCOP(=O)([O-])[O-]
+Cc1cccc(C(=O)[O-])c1
+Cc1ccccc1C(=O)[O-]
+N#Cc1c[nH]c2nc(N)[nH]c(=O)c12
+Cc1cc(O)cc(C(=O)[O-])c1O
+C[N+](C)(C)[C@@H](Cc1c[nH]c(SO)n1)C(=O)[O-]
+COc1ccc(C[C@@H](C)[NH3+])cc1
+Nc1cc(C(=O)[O-])ccc1O
+N#CCc1c[nH]c2ccccc12
+Cc1ncc(C(=O)[O-])c(C(=O)[O-])c1O
+Cc1cc(O)cc(O)c1C(=O)[O-]
+COc1c(C)cc(C[C@H]([NH3+])C(=O)[O-])cc1O
+C1=Cc2ccccc2CN1
+O=C1C=C[C@@H]([C@@H](F)C(=O)[O-])O1
+O=C([O-])c1c(O)cccc1O
+Nc1ccccc1C(=O)[O-]
+C=C1c2ccc(C)cc2O[C@@H]1O
+O=C1C=C[C@@H]([C@H](F)C(=O)[O-])O1
+CC(=O)c1ccc(S(=O)(=O)[O-])cc1
+O=C([O-])c1cccc(O)c1
+[NH3+][C@H](COP(=O)([O-])[O-])Cc1c[nH]cn1
+CC(=O)C1=CCNc2nc(N)[nH]c(=O)c2N1
+Cn1c(=O)[nH]c2nc[nH]c2c1=O
diff --git a/fix_admet_load.py b/fix_admet_load.py
new file mode 100644
index 0000000..b5ae7eb
--- /dev/null
+++ b/fix_admet_load.py
@@ -0,0 +1,60 @@
+import torch
+import sys
+import os
+import argparse
+from pathlib import Path
+
+def patch_torch_load():
+    """
+    修补torch.load函数，添加weights_only=False参数
+    这是为了解决PyTorch 2.6版本中weights_only默认值变更导致的问题
+    """
+    original_torch_load = torch.load
+    
+    def patched_load(f, map_location=None, pickle_module=None, **pickle_load_args):
+        # 显式添加weights_only=False参数
+        if 'weights_only' not in pickle_load_args:
+            pickle_load_args['weights_only'] = False
+        return original_torch_load(f, map_location, pickle_module, **pickle_load_args)
+    
+    torch.load = patched_load
+    print("已修补torch.load函数，添加weights_only=False参数")
+
+def main():
+    parser = argparse.ArgumentParser(description='运行admet_predict并修复torch.load问题')
+    parser.add_argument('--data_path', type=str, required=True, help='输入数据路径')
+    parser.add_argument('--save_path', type=str, required=True, help='保存结果路径')
+    parser.add_argument('--smiles_column', type=str, default='smiles', help='SMILES列名')
+    parser.add_argument('--models_dir', type=str, help='模型目录')
+    parser.add_argument('--include_physchem', action='store_true', help='是否包含物理化学特性')
+    parser.add_argument('--drugbank_path', type=str, help='DrugBank路径')
+    parser.add_argument('--atc_code', type=str, help='ATC代码')
+    
+    args, unknown = parser.parse_known_args()
+    
+    # 应用修补
+    patch_torch_load()
+    
+    # 构建admet_predict命令
+    cmd = [sys.executable, '-m', 'admet_ai.admet_predict']
+    cmd.extend(['--data_path', args.data_path])
+    cmd.extend(['--save_path', args.save_path])
+    cmd.extend(['--smiles_column', args.smiles_column])
+    
+    if args.models_dir:
+        cmd.extend(['--models_dir', args.models_dir])
+    if args.include_physchem:
+        cmd.append('--include_physchem')
+    if args.drugbank_path:
+        cmd.extend(['--drugbank_path', args.drugbank_path])
+    if args.atc_code:
+        cmd.extend(['--atc_code', args.atc_code])
+    
+    # 添加未知参数
+    cmd.extend(unknown)
+    
+    # 执行命令
+    os.execv(sys.executable, cmd)
+
+if __name__ == '__main__':
+    main()
\ No newline at end of file
diff --git a/scripts/sdf_to_smiles.py b/scripts/sdf_to_smiles.py
new file mode 100644
index 0000000..c41b243
--- /dev/null
+++ b/scripts/sdf_to_smiles.py
@@ -0,0 +1,44 @@
+#!/usr/bin/env python
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+import os
+from rdkit import Chem
+
+# 当前目录路径
+current_dir = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
+
+# 输入SDF文件路径
+sdf_file = os.path.join(current_dir, 'fgbar_vina_SP_1_pv.sdf')
+
+# 输出SMILES文件路径
+smiles_file = os.path.join(current_dir, 'molecules.txt')
+
+def sdf_to_smiles(sdf_path, output_path):
+    """读取SDF文件中的分子并将其转换为SMILES格式保存到文本文件"""
+    # 读取SDF文件
+    suppl = Chem.SDMolSupplier(sdf_path)
+    
+    # 计数有效分子数量
+    valid_mol_count = 0
+    
+    # 打开输出文件
+    with open(output_path, 'w') as f:
+        # 遍历所有分子
+        for i, mol in enumerate(suppl):
+            if mol is not None:  # 确保分子有效
+                # 获取SMILES
+                smiles = Chem.MolToSmiles(mol)
+                # 写入文件
+                f.write(f"{smiles}\n")
+                valid_mol_count += 1
+    
+    return valid_mol_count
+
+def main():
+    print(f"正在读取SDF文件: {sdf_file}")
+    mol_count = sdf_to_smiles(sdf_file, smiles_file)
+    print(f"成功处理了 {mol_count} 个分子")
+    print(f"SMILES已保存到: {smiles_file}")
+
+if __name__ == "__main__":
+    main()
\ No newline at end of file