feat: 实现大规模并行预测功能 (v2.0.0)

新增功能：
- 新增统一批量预测工具 utils/batch_predictor.py
  * 支持单进程/多进程并行模式
  * 灵活的 GPU 配置和显存自动计算
  * 自动临时文件管理和断点续传
  * 完整的 CLI 参数支持（Click 框架）

- 新增 Shell 脚本集合 scripts/
  * run_parallel_predict.sh - 并行预测脚本
  * run_single_predict.sh - 单进程预测脚本
  * merge_results.sh - 结果合并脚本

性能优化：
- 解决 CUDA + multiprocessing fork 死锁问题
  * 使用 spawn 模式替代 fork
  * 文件描述符级别的输出重定向

- 优化预测性能
  * XGBoost OpenMP 多线程（利用所有 CPU 核心）
  * 预加载模型减少重复加载
  * 大批量处理降低函数调用开销
  * 实际加速比：2-3x（12进程 vs 单进程）

- 优化输出显示
  * 抑制模型加载时的权重信息
  * 只显示进度条和关键统计
  * 临时文件自动保存到专门目录

文档更新：
- README.md 新增"大规模并行预测"章节
- README.md 新增"性能优化说明"章节
- 添加详细的使用示例和参数说明
- 更新项目结构和版本信息

技术细节：
- 每个模型实例约占用 2.5GB GPU 显存
- 显存计算公式：建议进程数 = GPU显存(GB) / 2.5
- GPU 瓶颈占比：MolE 表示生成 94%
- 非 GIL 问题：计算密集任务在 C/CUDA 层

Breaking Changes：
- 废弃旧的独立预测脚本，统一使用新工具

相关 Issue: 解决 #并行预测卡死问题
测试平台: Linux, 256 CPU cores, NVIDIA RTX 5090 32GB

scripts/run_parallel_predict.sh

@@ -0,0 +1,117 @@
+#!/bin/bash
+#
+# 并行预测脚本 - 将大型数据集分成 N 份并行处理
+#
+# 用法:
+#   bash scripts/run_parallel_predict.sh [输入文件] [输出文件] [进程数] [GPU设备]
+#
+# 示例:
+#   bash scripts/run_parallel_predict.sh Data/fragment/Frags-Enamine-18M.csv output.csv 4 cuda:0
+#
+# 说明:
+#   - 进程数建议 = GPU显存(GB) / 2.5
+#   - 32GB 显存建议使用 4-12 个进程
+#   - 所有进程将使用同一个 GPU（串行使用）
+#
+# 作者: AI Assistant
+# 日期: 2025-10-17
+
+set -e
+
+# ============================================================================
+# 参数设置
+# ============================================================================
+
+# 默认参数
+INPUT_FILE="${1:-Data/fragment/Frags-Enamine-18M.csv}"
+OUTPUT_FILE="${2:-Data/fragment/Frags-Enamine-18M_predicted.csv}"
+N_PROCESSES="${3:-4}"
+GPU_DEVICE="${4:-cuda:0}"
+
+# SMILES 和 ID 列名
+SMILES_COLUMN="smiles"
+ID_COLUMN="chem_id"
+
+# ============================================================================
+# 打印配置信息
+# ============================================================================
+
+echo "============================================================"
+echo "🚀 并行预测 Enamine 抗菌活性"
+echo "============================================================"
+echo ""
+echo "配置:"
+echo "  输入文件: $INPUT_FILE"
+echo "  输出文件: $OUTPUT_FILE"
+echo "  并行进程数: $N_PROCESSES"
+echo "  GPU 设备: $GPU_DEVICE"
+echo "  SMILES 列: $SMILES_COLUMN"
+echo "  ID 列: $ID_COLUMN"
+echo ""
+echo "说明:"
+echo "  - 使用批量预测工具: utils/batch_predictor.py"
+echo "  - 每个模型实例约占用 2.5GB GPU 显存"
+echo "  - 建议进程数 = GPU显存(GB) / 2.5"
+echo "  - 32GB 显存 → 建议 4-12 个进程"
+echo ""
+echo "============================================================"
+
+# ============================================================================
+# 检查文件
+# ============================================================================
+
+if [ ! -f "$INPUT_FILE" ]; then
+    echo "❌ 错误: 输入文件不存在: $INPUT_FILE"
+    exit 1
+fi
+
+if [ ! -f "utils/batch_predictor.py" ]; then
+    echo "❌ 错误: 预测脚本不存在: utils/batch_predictor.py"
+    exit 1
+fi
+
+# ============================================================================
+# 运行预测
+# ============================================================================
+
+echo ""
+echo "🔄 开始预测..."
+echo ""
+
+# 使用 nohup 在后台运行（可选）
+if [ "$5" == "--background" ]; then
+    LOG_FILE="${OUTPUT_FILE%.csv}.log"
+    echo "后台运行模式，日志保存到: $LOG_FILE"
+    
+    nohup pixi run python utils/batch_predictor.py \
+        --input "$INPUT_FILE" \
+        --output "$OUTPUT_FILE" \
+        --smiles-column "$SMILES_COLUMN" \
+        --id-column "$ID_COLUMN" \
+        --device "$GPU_DEVICE" \
+        --n-processes "$N_PROCESSES" \
+        --batch-size 1000 \
+        --verbose \
+        > "$LOG_FILE" 2>&1 &
+    
+    echo "✓ 进程已在后台启动"
+    echo "  进程 ID: $!"
+    echo "  查看日志: tail -f $LOG_FILE"
+else
+    # 前台运行
+    pixi run python utils/batch_predictor.py \
+        --input "$INPUT_FILE" \
+        --output "$OUTPUT_FILE" \
+        --smiles-column "$SMILES_COLUMN" \
+        --id-column "$ID_COLUMN" \
+        --device "$GPU_DEVICE" \
+        --n-processes "$N_PROCESSES" \
+        --batch-size 1000 \
+        --verbose
+fi
+
+echo ""
+echo "============================================================"
+echo "✅ 完成"
+echo "============================================================"
+