From 4745ce3884e85a7008f0eef377fd5096d4882361 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: hotwa Date: Fri, 17 Oct 2025 21:27:12 +0800 Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?=E6=8A=97=E8=8F=8C=E9=A2=84=E6=B5=8B=E6=A8=A1?= =?UTF-8?q?=E5=9E=8B=E8=BE=93=E5=87=BA=E6=A0=BC=E5=BC=8F=E5=AD=97=E6=AE=B5?= =?UTF-8?q?=E8=A7=A3=E9=87=8A?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- README.md | 64 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 64 insertions(+) diff --git a/README.md b/README.md index 824dcbc..54f40ac 100755 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -447,6 +447,70 @@ CCO,mol1,-9.93,...,mol1:Bacteroides caccae (NT5050),Bacteroides caccae (NT5050), - **仅聚合结果**：输出行数 = 输入分子数 - **包含菌株预测**：输出行数 = 输入分子数 × 40 +## 抗菌预测模型输出格式字段解释 + +### 完整输出字段解释表 + +#### 基础信息 + +| 字段名 | 数据类型 | 来源 | 计算方法 | 含义说明 | +|--------|--------|------|--------|---------| +| SMILES | 字符串 | 输入数据 | 直接复制 | 分子的 SMILES 结构表示 | +| chem_id | 字符串 | 输入数据 | 直接复制或自动生成 | 化合物的唯一标识符（如 "mol1"） | + +#### 聚合预测结果（每个分子一组值） + +| 字段名 | 数据类型 | 来源 | 计算方法 | 含义说明 | +|--------|--------|------|--------|---------| +| apscore_total | 浮点数 | 聚合计算 | log(gmean(所有40个菌株的预测概率)) | 总体抗菌潜力分数：所有菌株预测概率的几何平均数的对数。值越高表示抗菌活性越强，负值表示整体抑制概率较低 | +| apscore_gnegative | 浮点数 | 聚合计算 | log(gmean(革兰阴性菌株的预测概率)) | 革兰阴性菌抗菌潜力分数：仅针对革兰阴性菌株（23种）计算的抗菌分数 | +| apscore_gpositive | 浮点数 | 聚合计算 | log(gmean(革兰阳性菌株的预测概率)) | 革兰阳性菌抗菌潜力分数：仅针对革兰阳性菌株（17种）计算的抗菌分数 | +| ginhib_total | 整数 | 聚合计算 | sum(所有菌株的二值化预测) | 总抑制菌株数：预测被抑制的菌株总数（概率 ≥ 0.04374 的菌株数量），范围 0-40 | +| ginhib_gnegative | 整数 | 聚合计算 | sum(革兰阴性菌株的二值化预测) | 革兰阴性菌抑制数：预测被抑制的革兰阴性菌株数量，范围 0-23 | +| ginhib_gpositive | 整数 | 聚合计算 | sum(革兰阳性菌株的二值化预测) | 革兰阳性菌抑制数：预测被抑制的革兰阳性菌株数量，范围 0-17 | +| broad_spectrum | 整数 (0/1) | 聚合计算 | 1 if ginhib_total >= 10 else 0 | 广谱抗菌标志：如果抑制菌株数 ≥ 10，则判定为广谱抗菌药物（1），否则为 0 | + +#### 菌株级别预测结果（每个分子 40 行，每行对应一个菌株） + +| 字段名 | 数据类型 | 来源 | 计算方法 | 含义说明 | +|--------|--------|------|--------|---------| +| pred_id | 字符串 | 组合生成 | chem_id + ":" + strain_name | 预测组合ID：格式为 "化合物ID:菌株名称"，如 "mol1:Akkermansia muciniphila (NT5021)" | +| strain_name | 字符串 | 菌株元数据 | 从 40 个菌株列表中提取 | 菌株名称：包含菌株学名和 NT 编号，如 "Akkermansia muciniphila (NT5021)" | +| antimicrobial_predictive_probability | 浮点数 | XGBoost 预测 | model.predict_proba(X)[:, 1] | 抗菌预测概率：XGBoost 模型预测该化合物抑制该菌株生长的概率，范围 0-1。这是模型的原始输出概率 | +| no_growth_probability | 浮点数 | XGBoost 预测 | model.predict_proba(X)[:, 0] | 不抑制概率：预测该化合物不抑制该菌株生长的概率，等于 1 - antimicrobial_predictive_probability | +| growth_inhibition | 整数 (0/1) | 阈值二值化 | 1 if antimicrobial_predictive_probability >= 0.04374 else 0 | 生长抑制标签：二值化的抑制结果。1 表示预测抑制，0 表示预测不抑制。阈值 0.04374 是通过验证集优化得到的 | +| gram_stain | 字符串 | 菌株元数据 | 从 strain_info_SF2.xlsx 中查找 | 革兰染色类型：该菌株的革兰染色分类，值为 "negative"（革兰阴性）或 "positive"（革兰阳性） | + +--- + +### 数据结构说明 + +#### 输出格式特点 + +- **前 8 列**（SMILES 到 broad_spectrum）：每个分子的聚合结果，这些值在该分子的 40 行中保持不变 +- **后 6 列**（pred_id 到 gram_stain）：每个分子-菌株对的具体预测，每行对应不同的菌株 + +#### 示例数据 + +```csv +SMILES,chem_id,apscore_total,apscore_gnegative,apscore_gpositive,ginhib_total,ginhib_gnegative,ginhib_gpositive,broad_spectrum,pred_id,strain_name,antimicrobial_predictive_probability,no_growth_probability,growth_inhibition,gram_stain +CCO,mol1,-9.93,-10.17,-9.74,0,0,0,0,mol1:Akkermansia muciniphila (NT5021),Akkermansia muciniphila (NT5021),0.000102,0.999898,0,negative +CCO,mol1,-9.93,-10.17,-9.74,0,0,0,0,mol1:Bacteroides caccae (NT5050),Bacteroides caccae (NT5050),0.000155,0.999845,0,negative +...（共 40 行，前 8 列相同，后 6 列不同） +``` + +--- + +### 关键说明 + +| 项目 | 说明 | +|------|------| +| 数据量 | 每个输入分子会生成 40 行输出（对应 40 个菌株），因此总行数 = 输入分子数 × 40 | +| 阈值优化 | 默认阈值 0.04374 是通过最大化验证集 F1 分数得到的最优值 | +| 革兰染色分布 | 40 个菌株中，23 个为革兰阴性菌，17 个为革兰阳性菌 | +| 概率解释 | antimicrobial_predictive_probability 越接近 1，表示模型越确信该化合物会抑制该菌株 | +| 应用场景 | 这种格式特别适合强化学习场景，可以直接提取 40 维的预测概率向量作为状态表示 | + --- ## 项目结构